R et PMSI

Nouvelle bibliothèque de scripts PMSI R

Posted on 11 juin 202411 juin 2024 by DG

Nous venons de mettre en ligne, en open source, une bibliothèque de scripts PMSI R.

Elle comprend 15 scripts à ce jour (voir liste ci-dessous). Nous allons régulièrement l’enrichir jusqu’à quelques centaines.

Elle s’adresse à tous les professionnels du PMSI intéressés par l’analyse de données, en premier lieu ceux qui déjà réalisent des analyses en R, mais elle intéressera aussi les autres à titre d’information sur ce qu’il est possible de réaliser aujourd’hui, sans dépendre d’un outillage propriétaire.

Liste de scripts MCO :

# IPDMS par GHM
# Casemix basique séjours par sévérité
# Valorisation T2A des suppléments REA
# Actes CCAM avec extension documentaire obligatoire mais absente
# Nombre de JP d’un séjour MCO

Liste de scripts SMR :
# Casemix basique Intervenant CSARR
# Dépendance physique maximale des séjours HC
# RHS CM 08 d’au moins 5 JP avec 0 acte CSARR
# Rapatriement libellé CSARR
# Nombre de JP par RHS

Liste de scripts PSY :
# Episodes de soin continu par IPP
# IPP avec plusieurs actes de Réunion le même jour
# Séjours temps complet avec entrée et sortie le même jour
# Casemix basique EDGARX
# Rapatriement libellé CIM-10 du DP des RPS

Retour sur une année de webinaires R et PMSI

Posted on 6 février 20246 février 2024 by DG

Nous partageons avec la communauté PMSI un retour d’expérience quant à la participation des professionnels PMSI aux webinaires « R et PMSI » que nous organisons régulièrement.

A titre d’expérimentation, sans trop savoir si cela intéresserait des professionnels du PMSI, nous avons proposé un premier webinaire gratuit de découverte intitulé « Débuter avec R pour le PMSI » d’une heure et demi le 16 mars 2023, dans une logique de sensibilisation et de « dédramatisation » de l’approche R pour les analyses PMSI.

Nous avons été agréablement surpris puisque plusieurs dizaines de personnes s’étaient inscrites. Du coup, on propose maintenant ce webinaire régulièrement en améliorant et mettant à jour son contenu au fil des webinaires.

Quelques chiffres sur l’année 2023 :

# 6 webinaires entre mars et décembre 2023
# 91 professionnels se sont inscrits
# 68 sont venus et ont assisté à tout le webinaire auquel ils s’étaient inscrits
# ces 68 professionnels se répartissent, par profession, en 38 médecins DIM, 21 statisticiens (on regroupe ici les statisticiens proprement dits, les data analyst, data scientist, ingénieur hospitalier, …), 7 TIM et 2 Autres
# de manière approximative
1 participant sur 2 vient en découverte (« je vois bien que c’est l’avenir », « on en parle autour de moi », « est-ce fait pour moi ? », « concrètement comment démarre-t-on ? », « qu’est ce qu’on peut faire en R ? »)
1 participant sur 4 assiste au webinaire car il commence, seul ou en projet dans son établissement, à réaliser quelques manipulations ou analyses simples PMSI en R et a des questions à poser
1 participant sur 4 a déjà bien compris les bénéfices à tout point de vue (productivité, indépendance, performance, coût, partage) de basculer ses analyses PMSI avec R, produit des analyses PMSI en R et vient écouter des bonnes pratiques, participer à la communauté.

Liste des médicaments anticancéreux intra-GHS : expérimentation 51 (version 2020)

Posted on 15 décembre 202015 décembre 2020 by DG

Dans le cadre de l’expérimentation article 51 (voir notre article « Expérimentation article 51 pour le recueil des médicaments anticancéreux« ), certains établissements sont amenés à déclarer les médicaments anticancéreux non-inscrits sur la liste en sus ou intra-GHS.

L’ATIH a publié la version « 2020 » de cette liste de médicaments (format Excel), applicable au 1er janvier 2020 et à déclarer dans le FICHCOMP « anticancéreux intraGHS » (voir notre article « Format du FICHCOMP anticancéreux intraGHS« ).

La liste comprend 3 926 codes indications pour 891 codes UCD différents.

Chaque indication est documentée. La DCI (dénomination commune internationale associée aux codes UCD est présente.

Nous avons ajouté ce nouveau référentiel au package R refpmsi:: des référentiels PMSI avec le libellé « anticancereux_intraghs ». Disponible à partir du 12 décembre 2020.

Source : Médicaments anticancéreux intra-GHS : Expérimentation article 51 (ATIH)

Répartition des GHM par UM (code R)

Posted on 29 septembre 202030 septembre 2020 by DG

Nous inaugurons une série d’articles « R et PMSI » dans laquelle nous publierons régulièrement des exemples de tableau et de graphiques d’analyse PMSI en R avec mise à disposition du code R commenté.

Sujet : répartition par UM de l’activité, classée par GHM

Commentaires :
Nous avons produit un jeu de données MCO minimal sous R, correspondant à une activité MCO réaliste avec l’essentiel des variables intéressantes (DP, actes CCAM, DAS, durée, GHM, âge, …) et des données correspondant à des codages standards

Ces variables se retrouvent dans les fichiers rss ou rsa ou sont facilement calculables à partir de celles-ci.

Dans cet exemple, nous avons filtré sur les 10 premiers GHM en terme de nombre de RUM.

La répartition de l’activité classée dans un GHM donné est faite à partir du nombre de RUM.

Tri par ordre décroissant sur le nombre de RUM.

Les référentiels PMSI sont récupérés avec le package refpmsi::

L’analyse peut évidemment être étendue à tous les GHM représentés dans un périmètre d’analyse ou recalibrée à un autre niveau (RGHM, CMD, DA, GP, …) ou sur un regroupement particulier d’UM (par pôle ou par autorisation par exemple).

La mise en forme du tableau reprend l’essentiel des « Ten Guideline for Better Tables » de John Schwabish

Le tableau est produit avec le package gt::

Intérêts :
Visualiser l’adéquation des prises en charge avec les UM
Repérer les prises en charge très majoritairement (> 90%) réalisées dans un UM pour regarder les motifs de réalisations dans les autres UM (cas particuliers justifiés ?, problèmes de codage ?)
Adéquation prises en charge / autorisation

Code R du tableau

refpmsi : nouveau package R de référentiels PMSI

Posted on 28 mai 20209 septembre 2020 by DG

Nous venons de mettre en ligne refpmsi, nouveau package R des référentiels PMSI.

refpmsi comprend à ce jour 70 référentiels PMSI et 2 fonctions basiques (refpmsi(), même nom que le package, pour charger un référentiel et liste_refpmsi() pour visualiser la liste des référentiels directement dans R Studio).

Exemples d’utilisation de refpmsi :
avec les référentiels CIM-10
avec les référentiels GHM

Le package est open source, librement utilisable par tous.

Nous mettrons à jour les référentiels et en ajouterons régulièrement de nouveau.

Pour être tenu au courant des mises à jour et des nouveaux référentiels disponibles dans refpmsi :

Le package est ouvert à tous les référentiels PMSI.

N’hésitez pas à en proposer en nous écrivant directement ici : nous les ajouterons volontiers à refpmsi pour qu’un maximum de DIM et d’établissements puissent les utiliser dans leurs analyses PMSI.

Voir aussi :
# le github de refpmsi.
# article « 6 raisons d’utiliser R en analyse PMSI »
# le package nomensland, autre package R de référentiels PMSI, développé et maintenu par Guillaume Pressiat, statisticien. Ce package propose en outre des listes de requêtes.