PMSI MCO

6 raisons d’utiliser R en analyse PMSI

Nous travaillons depuis plusieurs années avec R, langage open source de traitement de données et de statistique, pour l’analyse PMSI.

Nous partageons aujourd’hui notre retour d’expérience sur l’utilisation de R pour l’analyse des PMSI.

Raison #1 : R est adapté aux analyses PMSI

Principales caractéristiques de R :
# importation optimisée de fichiers textes structurés
# manipulation très fluide et naturelle de structures de données. R a été conçu spécifiquement pour la manipulation de données.
# toutes les fonctions statistiques et de manipulations de données existent nativement dans R
# de très nombreuses fonctions graphiques et de visualisation de données sont intégrées à R pour produire automatiquement des histogrammes, des courbes, des camemberts, des boîtes à moustache, etc…
# génération de rapports dynamiques
# très rapidement opérationnel.
En quelques heures, un professionnel du PMSI peut réaliser des comptages (nombre de RUM, nombre moyen de RUM par RSS, DMS, …) et quelques requêtes simples (nombre moyen d’actes CCAM par séjour et GHM, ratio de séjours avec un code CIM-10 codé, …)

Or ces caractéristiques sont justement celles recherchées par les équipes DIM :
# travail sur un PC, souvent un portable pour les médecins DIM, sans vouloir ou pouvoir dépendre d’un service informatique
# import et manipulation rapide (en quelques secondes) de fichiers de quelques 100 000 lignes
# réutilisation et personnalisation à volonté de requêtes
# « nettoyage » facile de données (ex : supprimer les GHM représentés par moins de 10 séjours)
# « jeux » avec les filtres et les sélections
# production de graphiques à la volée
# production de case mix
# comparaison de jeux de données période à période ou périmètre à périmètre
# repérage d’atypies avec paramétrage de listes de codes
# appel à des fonctions ou des tests statistiques en ayant l’assurance qu’ils sont corrects
# distinction entre variables quantitatives, qualitatives, catégorielles
# rapprochement avec des référentiels ou des textes non structurés
# génération de rapports d’activité dynamiques reproductibles
# intégration aux EDS, aux études multi-sites

R est par ailleurs très largement utilisé en Santé Publique et en biostatistique depuis de nombreuses années.

Raison #2 : R est mature et pérenne

R existe depuis plus de 20 ans. Sa maturité, sa popularité et sa diffusion s’accroissent d’année en année.

A ce jour, R est couramment utilisé en entreprise, dans les milieux académiques et les organismes publics, en particulier dans le monde hospitalier et de la santé.

R comprend plus de 15 000 packages à ce jour (source), répondant à des besoins de plus en plus pointus.

En janvier 2019, R est classé 12e dans l’index TIOBE qui mesure la popularité des langages de programmation dans le monde.

Raison #3 : R est gratuit et open source

La gratuité de R permet aux équipes DIM de travailler tout de suite en toute liberté, sans dépendre d’un financement qui peut toujours être remis en cause ou d’un éditeur commercial qui bride l’accès aux possibilités d’analyses, sans dépendre d’un nombre de licences.

R est open source. Cela garantit une maîtrise de bout en bout des requêtes et des fonctions : pas de « boîtes noires », pas de « modules supplémentaires payants », aucune limitation dans les développements.

R dispose d’un environnement de développement gratuit, libre, multiplateforme pour R, orienté utilisateur : RStudio qui facilite grandement le développement sous R et la visualisation en direct des résultats, en particulier des graphiques.

Raison #4 : R est très documenté

L’écosystème francophone autour de R est aujourd’hui très développé avec des sites et blogs didactiques, du plus basique pour démarrer aux plus techniques, des forums et des rencontres académiques dans de nombreuses villes (Nantes, Toulouse, Paris, Lyon), un réseau d’experts indépendants.

Pour les professionnels qui comprennent l’anglais basique, la documentation R devient alors quasi-infinie.

Chaque question a sa réponse dans les blogs, sites ou forums

Raison #5 : Les spécialistes et experts du PMSI utilisent R

La quasi-totalité des CHU et CHR utilisent aujourd’hui R.

L’AP-HP développe un logiciel open source R pour le PMSI : pmeasyr (voir notre interview de Guillaume PRESSIAT qui développe et maintient pmeasyr).

La DREES développe depuis 2019 sa visualisation de données en ligne en R

Nous développons PMSISoft, le logiciel d’analyse PMSI le plus pointu à ce jour, en R.

Raison # 6 : R = l’ouverture du PMSI à la data science

Pour les équipes DIM, travailler avec R, c’est aussi participer aux travaux les plus récents en santé publique autour des EDS (Entrepôts De Santé) qui voient le jour dans les principaux CHU (Paris, Grand Ouest, Marseille, Bordeaux, Strasbourg, Lyon) et de l’IA.

C’est s’inscrire dans une démarche de partage et de collaboration valorisant les expertises propres aux PMSI (via, par exemple, le partage de package ad’hoc).

Travailler avec R pour une équipe DIM, c’est travailler de plein pied dans le monde des data scientist, du codage semi-automatisé, de l’avenir de l’analyse des données de santé à laquelle participe le PMSI.

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Partenariat innovation à l’AP-HP : utilisation de l’intelligence artificielle pour le codage des diagnostics de séjours des courts séjours MCO

L’AP-HP engage en septembre 2019 un partenariat d’innovation (= une forme spécifique de marché public ayant pour objectif d’encourager la passation de marchés publics à visée innovante et de développer des collaborations encadrées entre les acheteurs publics et des opérateurs économiques sur des projets à construire) pour avancer vers l’automatisation du codage des diagnostics de séjours courts (zéro, une ou deux nuits, hors séances) de MCO à partir des documents médicaux produits par les professionnels à l’occasion de ces séjours.

Il s’agit de réduire le travail de codage de ces séjours « simples » et ainsi de libérer des ressources humaines qui pourront notamment se concentrer sur les séjours longs au codage plus complexe.

L’amélioration de la qualité globale des données du PMSI pourra ainsi bénéficier à la recherche biomédicale et au pilotage des organisations de soins.

Au niveau de l’AP-HP, cette démarche concerne 600 000 séjours (en 2018), soit 43% de l’activité séjours de l’institution.

Pour l’AP-HP, il s’agit d’une véritable démarche de recherche et développement, car les produits informatiques existant actuellement ne sont pas encore adaptés à l’objectif de qualité du codage de ces séjours.

Ce projet est à horizon 2022-2023.

Source : Communiqué de presse de l’AP-HP
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NABM V55 – Mise à jour NABM au 12 septembre 2019

Cette nouvelle NABM, diffusée le 12 septembre 2019 :

# supprime 9 actes au 21/09/19
54 – CONGELATION D’EMBRYONS ( PAR CYCLE)
63 – DECONGELATION D’EMBRYON (PAR CYCLE) + CATHETER
1715 – INFECTION A EBV ANCIENNE : SD : AC VCA IGG ET AC EBNA PAR IFI
1716 – INFECTION A EBV ANCIENNE : SD : AC VCA IGG ET AC EBNA PAR EIA
1717 – INFECTION A EBV RECENTE OU EVOLUTIVE : SD : AC VCA IGM OU AC EA IGM PAR IFI
1718 – INFECTION A EBV RECENTE OU EVOLUTIVE : SD : AC VCA IGM OU AC EA PAR EIA
1719 – INFECTION A EBV : SD : AC EA IGA OU AC VCA IGA
593 – SANG : UREE ET CREATININE
4005 – DPN : TRISOMIE 21 FOETALE : DEPISTAGE SEQUENTIEL INTEGRE AU 2E TRIMESTRE

# créé 15 nouveaux actes avec date d’effet au 19/09/19
9929 – COMPLEMENT A LA COTATION MINIMALE DE VALEUR B 16 (SANG)
9927 – COMPLEMENT A LA COTATION MINIMALE DE VALEUR B 17(SANG)
9928 – COMPLEMENT A LA COTATION MINIMALE DE VALEUR B 18 (SANG)
82 – VITRIFICATION D’EMBRYON(S)
83 – RECHAUFFEMENT D’EMBRYON(S)
84 – VITRIFICATION D’OVOCYTE(S)
85 – RECHAUFFEMENT D’EMBRYON(S)
86 – CRYOCONSERVATION DES OVOCYTE(S )
500 – DEPISTAGE D’UN DEFICIT EN DIHYDROPYRIMIDINE DESHYDROGENASE (DPD )
5302 – C. TRACHOMATIS ET/OU N. GONORRHOEAE: AMPLIFCATION GENIQUE – 2 SITES
5303 – C. TRACHOMATIS ET/OU N. GONORRHOEAE: AMPLIFCATION GENIQUE – 3 SITES
1033 – C DIFFICILE _DIAGNOSTIC D’UNE INFECTION
1008 – EBV-CHARGE VIRALE
1009 – EBV- SEROLOGIE SPECIFIQUE
1010 – EBV- RECHERCHE DU STATUT IMMUNITAIRE

Sources : NABM V055 (12 septembre 2019) – fichier Excelfichier texte

Référentiels OVALIDE MCO en 2019 – Liste des différences DIAGINFOS 2018-2019

Rappel : aucun test qualité n’a été supprimé ou ajouté dans la version OVALIDE MCO 2019 (Guide de lecture OVALIDE MCO DGF 0219 et Guide de lecture OVALIDE OQN 2019) par rapport à la version OVALIDE MCO 2018

Les tables des référentiels OVALIDE MCO 2019 ont été mises à jour et sont disponibles à partir du 23 juillet 2019.

Ces tables sont issues du regroupage en V2019 des données nationales 2018.

Sept tables de références sont disponibles :
1 – CCAMInfo : table des caractéristiques des codes actes CCAM ;
2 –DiagInfo : table des caractéristiques des codes diagnostics CIM-10 (modifiée le 23/07/2019) ;
3 – DMInfo : table des caractéristiques des codes LPP des dispositifs médicaux ;
4 – MEDInfo : table des caractéristiques des codes UCD des médicaments.
5 – GHMInfo (exDGF et exOQN) : Informations relatives aux GHM et utilisées dans DATIM ;
6 – GHSInfo (exDGF et exOQN): Informations relatives aux GHS utilisées dans le test 44 pour les établissements exDGF et exOQN ;
7 – RacineInfo (exDGF et exOQN) : Informations relatives aux racines de GHM.

Nous avons fait une étude pour identifier les évolutions de la table DiagInfo entre 2018 et 2019 (voir notre article « Les colonnes du fichier DiagInfo« ) :

# le fichier DiagInfos 2019 comprend 42 448 codes CIM-10 correspondant aux codes CIM-10 actifs en 2019

# le fichier DiagInfos 2018 comprend 40 231 codes CIM-10 correspondant aux codes CIM-10 actifs en 2018

# Le nombre de codes CIM-10 communs entre 2018 et 2019 = 40 119

# 1 400 codes CIM-10 communs 2018-2019 ont fait l’objet d’au moins une évolution parmi les 28 colonnes possibles
Seules 4 colonnes sont concernées par au moins 1 évolution : RARE, DPCHIR, IMPRECIS et DPACTE

# Un seul code évolue entre 2018 et 2019 par rapport à la colonne IMPRECIS (cf les tableaux qualité OVALIDE sur les codages DP, DR ou DAS imprécis) : I772 « Rupture d’une artère » qui passe d’Imprécis en 2018 à Non imprécis en 2019

# Les évolutions des colonnes RARE (voir tableaux OVALIDE [1.Q.5.DPR] – Nombre de séjours avec un diagnostic rare en DP et [1.Q.5.DAR] – Nombre de séjours avec un diagnostic rare en DA) , DPCHIR (voir tableau « 1.Q.6.GMDPC – Nombre de séjours dans un GHM médical avec un DP chirurgical « ) et DPACTE (voir tableau « 1.Q.6.DPSA – Nombre de séjours avec un DP requérant un acte, et pourtant sans acte « ) sont listées dans ce fichier Excel « DIAGINFOS_difference_2018_2019 », composé par nos soins.

Cette étude a été réalisée en R avec le package CompareDF.

Pour les utilisateurs PMSISoft : référentiels OVALIDE mis à jour en date du 20/08/2019 (sélectionner la ligne « Référentiels OVALIDE » dans l’onglet « Référentiels communs » de l’écran « Gestion des référentiels » du menu « Paramétrages » puis cliquer sur le bouton « Importer »)

Source : Tables OVALIDE MCO 2019 (fichier ZIP)
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4 nouvelles majorations (MPC, MCC, MSF, MOP) aux consultations externes à partir du 1er juillet 2019

Un arrêté du 28 juin 2019 ouvre la possibilité aux établissements de coder 4 nouvelles majorations aux consultations qu’ils réalisent à compter du 1er juillet 2019 :

 La majoration du médecin spécialiste (MPC) de 2€ pour les spécialistes hors psychiatres et neuropsychiatres et 2,70€ pour les psychiatres, neuropsychiatres et neurologues.
Cette majoration peut être facturée pour toute consultation d’un médecin spécialiste (hors spécialiste de médecine générale).
Elle est cumulable avec la CS, la TC et, le cas échéant, avec la majoration du parcours de soins coordonné MCS.

 La majoration du parcours de soins coordonné du médecin cardiologue (MCC) de 3,27€, les majorations du parcours de soins coordonné du médecin généraliste (MCG) et du spécialiste (MCS) étant déjà ouvertes en établissements de santé.
Elle est cumulable uniquement avec la consultation spécifique du cardiologue CSC1.

 La majoration de la sage-femme (MSF) de 2€.
Cette majoration peut être codée pour toute consultation d’une sage-femme auprès d’une patiente.
Elle est cumulable uniquement avec la C.

 La majoration personnes âgées (code facturation MOP) de 5€ : cette majoration peut être facturée pour toute prise en charge de patients âgés de plus de 80 ans.
Elle est cumulable avec les lettres-clé suivantes : G, GS, C, CS, APC, APU, APY, CDE, CNPSY, CSC, CCX, TCG, TC et le cas échéant les majorations de ces consultations.
Pour les médecins salariés des cliniques privées, cette majoration est également cumulable avec les lettres-clés U03, U45, honoraires de surveillance

A titre transitoire, du 1er juillet 2019 au 29 février 2020, le code majoration n’étant pas encore créé dans les systèmes d’information, la valorisation de la majoration MOP sera réalisée de façon automatique par l’ATIH :  les établissements coderont leurs consultations dans le RSFACE et, de façon mensuelle, l’ATIH s’appuiera sur ces données pour valoriser la majoration MOP. Cette valorisation sera intégrée à la ligne « ACE » figurant sur l’arrêté de versement et fera l’objet d’un tableau spécifique OVALIDE.
Au 1er mars 2020, le code de la majoration MOP sera créé et disponible dans les systèmes d’information.
Cette majoration sera codée de la même façon que les autres majorations déjà ouvertes en établissements de santé, c’est-à-dire au fil de l’eau et en association avec la consultation à laquelle elle se rapporte.

Sources : Notice majorations ACE (Ministère de la Santé) – Arrêté du 28 juin 2019 relatif aux majorations applicables aux tarifs des actes et consultations externes des établissements de santé publics et des établissements de santé privés