Author: DG

Passages aux urgences pour accident de trottinette identifiés via le PMSI

L’hôpital Henri Modor a publié un post facebook original le 17 février dernier indiquant le nombre de passages mensuel dans 16 services d’accueil des urgences adultes et pédiatriques de l’AP-HP sur la période 2018-2019, à périmètre constant pour accident de trottinette.

La mesure a été réalisée par le département d’information médical de l’AP-HP à partir de l’entrepôt de données de santé, en sélectionnant les séjours avec passage aux urgences et en réalisant une recherche textuelle à partir du terme « trottinette ».

Un exemple de croisement de données PMSI brutes (séjours avec passage aux urgences) avec une source externe (dossiers patients avec le mot clé très prescripteur « trottinette ») dans le cadre d’un EDS.

CCAM 2020 à usage PMSI : V2 à partir du 17 février 2020

Première actualisation de la CCAM descriptive à usage PMSI – 2020.

Cette V2 prend en compte les évolutions de la CCAM publiées au JO du 10 janvier 2020 (CCAM version V62 de la CCAM tarifante).

Liste analytique au format Excel.

Le fichier complémentaire au format Excel.

Une note de présentation de ces évolutions

Le guide de lecture et de codage n’est pas modifié.

A retenir : 

Au sousparagraphe : 07.03.02.09 Actes thérapeutiques sur l’estomac pour obésité morbide

Radiation de trois libellés :

HFCC003-32 Court-circuit [Bypass] gastrique avec anse montée en oméga, pour obésité morbide,
par cœlioscopie, sans assistance par robot
HFCC003-42 Court-circuit [Bypass] gastrique avec anse montée en oméga, pour obésité morbide,
par cœlioscopie, avec assistance par robot
HFCA001-02 Court-circuit [Bypass] gastrique avec anse montée en oméga, pour obésité morbide,
par laparotomie

Nettoyage des points dans les codes CIM-10 en R

On est régulièrement amené à enrichir une liste de codages CIM-10 avec des informations issues d’un référentiel CIM-10 dans lequel les codes CIM-10 sont enregistrés avec un point.

Exemple avec une liste de diags CIM-10 que l’on appelle df1

Extrait de quelques lignes de df1 filtrées sur la seule colonne DP

DP
D987
C098
K317
Z987

que l’on cherche à enrichir avec un référentiel que l’on appelle df2

Extrait de quelques lignes de df2

Codes CIM-10 Explications Sources
M62.3 Le syndrome d’immobilité est une entité clinique distincte d’origine musculaire, le diagnostic doit être posé par le clinicien. Il ne s’agit pas seulement d’un état d’immobilisation du patient pour des raisons diverses. Agora
Q93.3 Le syndrome de Wolf-Hirschhorn (SWH) est un trouble du développement avec anomalies faciales caractéristiques, retard de croissance pré- et postnatale, déficit intellectuel, retard psychomoteur sévère, crises d’épilepsie et hypotonie.
Synonyme : Délétion distale 4p
Coder les manifestations en fonction des circonstances
ORPHANET & COCOA
I89.0 Le volume 3 classe en I89.0 les lymphœdèmes primitifs mais aussi secondaires. C’est bien ce code qui convient pour un
lymphœdème après curage associé au code T81.7
Agora
K31.7 Polypes du tube digestif
Le codage des polypes du tube digestif est à distinguer selon les compléments d’information fournis.
On les code comme une tumeur bénigne du segment concerné quand ils sont précisés adénomateux. On utilise alors
les catégories D12 Tumeur bénigne du côlon, du rectum, de l’anus et du canal anal ou D13 Tumeurs bénignes de parties
autres et mal définies de l’appareil digestif.
S’ils sont le siège d’un cancer (polype dégénéré), ils doivent être codés comme des tumeurs malignes du segment
concerné.
Les polypes non tumoraux et ceux dont la nature histologique n’est pas précisée sont décrits par des libellés particuliers
du chapitre XI des maladies de l’appareil digestif. On y trouve en effet :
– les polypes de l’estomac et du duodénum (K31.7) ;
– les polypes du côlon (K63.5) ;
– les polypes du rectum (K62.1) ;
– les polypes de l’anus (K62.0).
ATIH – Consignes de codage

Source : CoCoa 2019 – Version 30 juin 2019

Problème

Pour pouvoir faire la jointure entre ces 2 data frames, il va falloir au préalable nettoyer la colonne Codes CIM-10 de df2 en supprimant les points dans les codes CIM-10

Analyse

Remplacer la colonne actuelle Codes CIM-10 de df2 par une colonne de même nom avec les codes CIM-10 nettoyés (= sans les points)

Donc appliquer à chaque code CIM-10 de la colonne Codes CIM-10 une fonction de nettoyage du point s’il existe

La colonne Codes CIM-10 est de type character

Voyons directement le code correspondant que nous commentons ensuite.

Code

delete_dot <- function(x) str_replace_all(x,"[.]","")

df2 <- df2 %>%
      mutate(`Codes CIM-10` = map_chr(`Codes CIM-10`, delete_dot))

Commentaires du code

Le remplacement d’une colonne par une autre colonne : fonction mutate() de dplyr.
Mise entre du nom de la colonne car le nom comprend un espace vide.

Appliquer une même fonction sur une colonne : une fonction map() du package purrr.
On choisit map_chr() pour retourner directement une colonne chr.

Il est plus lisible de coder la fonction de nettoyage en dehors du map_chr() : c’est la fonction que l’on a appelé delete_dot(). Cela permet aussi de réutiliser librement delete_dot().

Pour le nettoyage, on a choisi de rester dans le tidyverse avec la fonction str_replace_all() du package stringr, plutôt que d’utiliser la fonction R native gsub().

str_replace_all() : tuto simple en français

Pour aller chercher les points dans les codes CIM-10, via le 2eme argument de str_replace_all(), on a codé un REGEX classique [.]. On aurait aussi pu coder \\. pour ce 2eme argument (moins élégant).

Le remplacement du point par rien est codé simplement "" dans le 3eme argument de str_replace_all()

Si le code CIM-10 ne contient pas de point, str_replace_all() ne fait rien car il ne trouve pas de point.

Résultat

On vérifie que la colonne Codes CIM-10 de df2 a bien été modifiée comme voulu.

Codes CIM-10 Explications Sources
M623 Le syndrome d’immobilité est une entité clinique distincte d’origine musculaire, le diagnostic doit être posé par le clinicien. Il ne s’agit pas seulement d’un état d’immobilisation du patient pour des raisons diverses. Agora
Q933 Le syndrome de Wolf-Hirschhorn (SWH) est un trouble du développement avec anomalies faciales caractéristiques, retard de croissance pré- et postnatale, déficit intellectuel, retard psychomoteur sévère, crises d’épilepsie et hypotonie.
Synonyme : Délétion distale 4p
Coder les manifestations en fonction des circonstances
ORPHANET & COCOA
I890 Le volume 3 classe en I89.0 les lymphœdèmes primitifs mais aussi secondaires. C’est bien ce code qui convient pour un
lymphœdème après curage associé au code T81.7
Agora
K317 Polypes du tube digestif
Le codage des polypes du tube digestif est à distinguer selon les compléments d’information fournis.
On les code comme une tumeur bénigne du segment concerné quand ils sont précisés adénomateux. On utilise alors
les catégories D12 Tumeur bénigne du côlon, du rectum, de l’anus et du canal anal ou D13 Tumeurs bénignes de parties
autres et mal définies de l’appareil digestif.
S’ils sont le siège d’un cancer (polype dégénéré), ils doivent être codés comme des tumeurs malignes du segment
concerné.
Les polypes non tumoraux et ceux dont la nature histologique n’est pas précisée sont décrits par des libellés particuliers
du chapitre XI des maladies de l’appareil digestif. On y trouve en effet :
– les polypes de l’estomac et du duodénum (K31.7) ;
– les polypes du côlon (K63.5) ;
– les polypes du rectum (K62.1) ;
– les polypes de l’anus (K62.0).
ATIH – Consignes de codage

On peut maintenant faire la jointure des 2 data frame df1 et df2 via les colonnes DP de Codes CIM-10 qui se correspondent (avec la fonction left_join() par exemple).

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Les déterminants de la durée du contrôle qualité du codage PMSI MCO (étude CHR Metz-Thionville)

Nous signalons cette étude du CHR Metz-Thionville présentée lors des journées EMOIS 2020 et intitulée « Identification des déterminants de la durée du contrôle qualité du codage PMSI du champ MCO« 

L’étude a été mené sur les RSS 2016 de l’établissement dans un contexte de codage décentralisé où chaque TIM assure le contrôle qualité d’un ou plusieurs pôles.

Les déterminants possibles étaient : le type de contrôle (complet ou partiel), le/la TIM, le rang du RUM classant, le mois de contrôle, la CMD, le niveau de sévérité, la durée du RSS

Principaux résultats : 

# 36% des RSS contrôlés en moins d’1 min, 30% des RSS contrôlés entre 1 et 3 min, 28% des RSS contrôlés entre 3 et 10 min, 5% des RSS contrôlés entre 10 et 20 min et 1% des RSS avec un temps de contrôle > 20 min

# la durée moyenne de contrôle qualité varie fortement selon les pôles (sans surprise) : de 2,6 min / RSS à 10,1 min / RSS.
Cette répartition des temps de contrôle qualité par pôle a permis à l’établissement de répartir plus équitablement les pôles attribués aux TIMs

# le temps nécessaire au contrôle qualité augmente avec la durée du RSS (+ 2,2 min en moyenne si le RSS passe de 4 à 15 jours et + 3,6 min si durée RSS > 15 jours), le niveau de sévérité (+ 1 min si niveau 2 ou 3 et + 2 min si niveau 4) et quand le RUM classant des RSS multi-RUM n’est pas le 1er RUM du RSS

# ce temps du contrôle qualité varie aussi en fonction des CMD.
Exemple : plus long pour les CMD 10 « Affections endocriniennes, métaboliques et nutritionnelles » et 27 « Transplantations d’organes »

Cette étude justifie un constat que nous faisons nôtre depuis de nombreuses années : l’estimation « brutale » d’un temps de contrôle qualité sur la seule base d’un nombre de TIMs / RSS est très généralement fausse. Ces estimations doivent tenir compte de nombreux déterminants, communs à tous les établissements et propres à chaque établissement (niveau et implication des TIMs, outillage, méthodologie).

Nous renvoyons à l’étude pour plus d’informations, en particulier méthodologiques.

Source : étude « Identification des déterminants de la durée du contrôle qualité du codage PMSI du champ MCO » (EMOIS 2020 – Archive C1)

Nombre de métiers RR dans le GN 0127 « Maladies d’Alzheimer et démences apparentées » (étude)

Nous signalons cette étude de l’ATIH présentée dans les journées EMOIS 2020 et intitulée « La diversité des métiers mobilisés pour la RR en SSR : un élément à prendre en compte dans la classification médico-économique ?« 

Dans l’étude, la diversité RR est définie comme le nombre de métiers de RR (Rééducation-Réadaptation) différents mobilisés au cours du séjour.

D’un point de vue PMSI, on peut donc traduire la diversité RR comme le nombre de types d’intervenants différents avec au moins 1 codage CSARR représenté au cours du séjour.

L’étude se fixait 2 hypothèses à vérifier (voir l’étude pour les détails) :

# la diversité RR est-elle un marqueur économique de la lourdeur de prise en charge ?
Résultat : corrélation diversité RR et durée/coût du séjour

# la diversité RR dépend-elle des caractéristiques cliniques du patient ?
Résultat : non confirmée

Pour illustrer la démarche, l’étude détaille ses résultats sur le GN 0127 « Maladies d’Alzheimer et démences apparentées » avec des données exclusives intéressantes :

# nombre moyen de métiers mobilisés / séjour selon le secteur de financement : 5,2 en ex-DAF et 5,4 en ex-OQN

# nombre moyen de métiers mobilisés / séjour selon le type d’UM : 4,8 en UM polyvalent et 5,6 en UM gériatrie

# d’après les professionnels RR : le kiné n’est pas adapté pour ces patients et 5 métiers sont à mobiliser systématiquement : psychomotricien, assistant social, diététicien, (neuro)psychologie, orthophoniste

A comparer avec vos données.

Pour les utilisateurs PMSISoft SSR : la diversité RR par séjour est calculée dans l’écran « Actes CSARR et séjours » dans la colonne « Intervenants » (= nombre d’intervenants différents représentés par au moins 1 codage CSARR dans le séjours). En filtrant sur le GN 0127 et le type de séjour « Séjours terminés », vous pouvez calculer le nombre moyen de métiers mobilisés / séjour en GN 0127.

Source : étude « La diversité des métiers mobilisés pour la RR en SSR : un élément à prendre en compte dans la classification médico-économique ? » (ATIH – EMOIS 2020 – Journée 14 mars 2020 – Archive C3)